Fundado como Colegio de Santiago el Zebedeo por Alfonso de Fonseca y Ulloa (arzobispo de Santiago de Compostela, 1507-1523; arzobispo de Toledo, 1523-1534). Aunque la bula papal autorizando la fundación data de 1525 y la cédula de erección de 1528, su construcción comenzó en 1519.
En el siglo XVIII, tras una serie de intentos de reforma de los colegios mayores españoles en el reinado de Carlos III, entre 1771 y 1777, el colegio se extingue definitivamente en 1798.
Al extinguirse el colegio sus manuscritos se trasladaron hacia 1802 a la biblioteca particular del rey en Madrid y volvieron a Salamanca en 1954. De estos libros hizo inventario el obispo de Salamanca Antonio Tavira, del que se conservan varias copias en la Biblioteca Nacional de Madrid.
En cuanto a los impresos, parece que también por esas fechas el director del Seminario de Nobles de Madrid viajó a Salamanca para seleccionar algunos libros de los colegios mayores, pues la biblioteca del seminario se había quemado (el inventario se encuentra en el Archivo Histórico Nacional, Univ., leg. 688).
La marca de propiedad es un ex-libris manuscrito en la portada o en las hojas de guarda, aunque no siempre aparece. El más frecuente un simple: «Arzbpo»; pero también existe una mención más extensa: «Es del colegio mayor del Arzobispo». Estos ejemplares suelen llevar en hojas de guarda, varias signaturas antiguas: Ca., C., Caj. [Cajón] seguidas de un número; pero, cuando no hay mención explícita de procedencia, es difícil saber si proceden de este colegio o del Colegio Mayor de Oviedo, que tienen signaturas antiguas muy parecidas.
Luis Sala Balust, Constituciones, estatutos y ceremonias de los antiguos colegios seculares de la Universidad de Salamanca, Salamanca: Universidad de Salamanca, 1962-1966, I, pág. 23; reglamentación de la biblioteca en IV, pág. 192.
Manuel Sendín Calabuig, El Colegio Mayor del Arzobispo Fonseca en Salamanca, Salamanca: Universidad de Salamanca, 1977.
Edita la lista de los manuscritos, según el inventario de Tavira: Juan Carlos Galende Díaz, «El Colegio mayor salmantino del Arzobispo y su biblioteca dieciochesca», en Homenaje a Antonio Matilla Tascón, Zamora: Instituto de Estudios Zamoranos Florián de Ocampo, 2002, págs. 221-237 (ed. del Manuscrito 4404 de la Biblioteca Nacional de Madrid, fols. fols. 263-294).
Exlibris manuscrito Colegio Mayor del Arzobispo Fonseca (Salamanca)
Signaturas topográficas Colegio Mayor del Arzobispo Fonseca (Salamanca)
