Fundado por el arzobispo de Sevilla y presidente del Consejo de Castilla, Fernando de Valdés, inquisidor general. Sus constituciones fueron aprobadas por bula de Gregorio XIII en 1584.
En la actualidad alberga la Facultad de Geografía e Historia.
Exlibris: «Soi de el Colegio de Sn. Pelaio»; a veces, en corte frontal, armas de los Valdés, tres fajas superadas de rosas, como la fachada del edificio.
Cortázar Estivaliz, J., Historia y arte del Colegio menor de San Pelayo de Salamanca, Salamanca: Universidad, 2002.
Sala Balust, Luis, Constituciones, estatutos y ceremonias, Salamanca: Universidad, 1962-1966, T. I.